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高起始量帶分子標簽的DNA-Seq分析

2021-04-27文章來(lái)源：takarabiomed

高起始量帶分子標簽的DNA-Seq分析

ThruPLEX^® Tag-Seq HV & ThruPLEX^® Tag-Seq HV PLUS Kit

· 更可靠的DNA-Seq分析：文庫中整合了離散且均衡的分子標簽（UMIs），提供更可靠的數據表現！
· 兼容更高起始量的多種樣本：5至200 ng FFPE DNA、cfDNA起始，30 μl建庫體積，無(wú)需濃縮樣本！
· 刪繁就簡(jiǎn)：?jiǎn)喂苋讲僮髁鞒蹋? h內完成Illumina文庫構建！
· 一致高效：無(wú)畏起始量差異，高實(shí)驗重復性、更均一的文庫覆蓋度，高GC含量區域偏差更??！
· 更適合于稀有突變分析，減少擴增誤差及測序錯誤！
· ThruPLEX^® Tag-Seq HV PLUS Kit包含酶切片段步驟，提供完整文庫構建流程!

ThruPLEX^®Tag-Seq HV產(chǎn)品說(shuō)明

目前，將NGS用于正確檢測低頻突變的關(guān)注度逐漸上升。各領(lǐng)域科研人員正在突破稀有突變檢測靈敏度與特異性的瓶頸，而這些問(wèn)題主要是由樣品準備、擴增偏差及測序錯誤所引起的。而向Illumina文庫添加特有的分子標簽（Unique Molecular Identifiers, UMIs）與特有的雙端index(Unique Dual Indexes, UDIs)，能有效改善稀有突變檢測的準確性。出于文庫制備與測序質(zhì)量直接相關(guān)的考慮，我們特別優(yōu)化推出了接頭上帶UMIs及整合UDIs的全新產(chǎn)品——ThruPLEX Tag-Seq HV試劑盒。該產(chǎn)品保留了單管流程、操作簡(jiǎn)便的特點(diǎn)，支持5至200 ng input DNA起始用于稀有變異分析！

正確的樣本數據回溯、更小的手動(dòng)操作誤差，科研人員再不用擔心珍貴樣本損失了！

■ 來(lái)自UMIs的“助攻”

ThruPLEX Tag-Seq HV在莖環(huán)形接頭上引入了離散的UMIs，文庫中每個(gè)DNA分子有144種可能的標簽組合，漢明間距超過(guò)6，具有高度的差異性。我們特別設計了UMI序列，以使序列顏色分布達到平衡，在Illumina平臺上能獲得更好的測序數據。我們也謹慎調整了各UMI接頭的濃度，以使144種序列組合在各種DNA起始量都能均勻展現，減少偏差。

由7位堿基所組成的UMIs位于reads的開(kāi)始位置，能夠”Tag”到DNA模板上，用于識別一致序列，減少擴增或者測序錯誤帶來(lái)的假陽(yáng)性突變。

這種特別優(yōu)化的UMIs設計，確保了更簡(jiǎn)便的樣本demultiplexing過(guò)程，分析更容易！

■ “抓住”游離DNA，“揪出”稀有突變

游離DNA（cfDNA）是由細胞凋亡后所釋放，游離于體液中的DNA片段。對cfDNA的測序分析具有較大難度，特別是涉及腫瘤學(xué)研究中的稀有突變分析時(shí)。
Takara科學(xué)家采用ThruPLEX Tag-Seq HV對10 ng起始的Quan-Plex Patient-Like ctDNA標準品（AccuRef）構建文庫，該ctDNA(循環(huán)腫瘤DNA)標準品帶有一系列特征化的不同頻率（0%，1%，5%）突變位點(diǎn)。文庫構建完成后，腫瘤相關(guān)的基因采用IDT xGEN Pan Cancer Panel進(jìn)行捕獲富集。結果顯示，目標區域的捕獲高效可靠，10 ng起始的DNA樣本約有79%的reads來(lái)自或者接近目標區域。

上表數據顯示，由坐標法或UMIs去除重復reads后的目標區域平均覆蓋度是相似的，與Picard MarkedDuplicates所報道的PCR duplication結果一致。
隨后，Takara科學(xué)家用UMIs鑒定了ctDNA標準品中特定位點(diǎn)的實(shí)際突變頻率，結果顯示，檢測到的突變頻率分別與預期1%、5%的等位突變頻率接近，而陰性對照組沒(méi)有在位點(diǎn)處檢測到任何突變。

如果采用未去重的文件或僅用坐標法去重的文件，會(huì )檢測出大量的超過(guò)0.5%等位基因頻率的不一致突變。而UMIs引入、校正后，相應突變體的數量變少了，結果的正確性進(jìn)一步提升，顯示出UMIs在降低擴增及測序錯誤上的重要作用。

更具代表性的是，使用未去重或者僅用坐標法去重的文件分析，在預期的EGFR L858R突變附近觀(guān)察到大量的低頻及隨機等位基因頻率突變。而用UMI校正、過(guò)濾后的一致性序列reads，清除了假陽(yáng)性突變，得到了預期的突變分析結果！

ThruPLEX^®Tag-Seq HV PLUS Kit產(chǎn)品說(shuō)明

ThruPLEX Tag-Seq HV PLUS Kit是在ThruPLEX Tag-Seq HV的基礎上，整合了ThruPLEX HV PLUS Enzymatic Fragmentation Module的完整文庫構建試劑盒。ThruPLEX Tag-Seq HV PLUS Kit保留了ThruPLEX HV的顯著(zhù)功能，并且無(wú)需在文庫制備之前進(jìn)行任何機械打斷或單獨的酶切片段化處理，從而實(shí)現了性能和速度的充分結合！

ThruPLEX Tag-Seq HV PLUS Kit流程概要

產(chǎn)品詳情請點(diǎn)擊：

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