為了準確地進(jìn)行基因表達量分析,必須滿(mǎn)足只有cDNA作為模板檢出的先決條件,但Total RNA中常?;煊谢蚪MDNA,并可以直接作為PCR反應的模板進(jìn)行擴增,因此會(huì )造成解析結果不準確。為了避免這種情況發(fā)生,通常將檢測用引物設計在內含子前后的外顯子上,使基因組DNA得不到擴增。但是,此方法不適合具有單個(gè)外顯子的基因或兩個(gè)外顯子之間所跨的內含子過(guò)小的基因,同時(shí)當基因組上有偽基因存在時(shí)、或設計引物對基因組有非特異性擴增時(shí)、以及基因信息沒(méi)被完全解析的生物種等也同樣不適合于本方法。在這種情況下,我們常常需要對Total RNA樣品進(jìn)行DNase I處理,以除去殘存的基因組DNA。而DNase I處理通常要進(jìn)行復雜的純化操作,同時(shí)會(huì )造成RNA的降解和損失。
PrimeScript RT reagent Kit with gDNA Eraser是可以除去基因組DNA進(jìn)行Real Time RT-PCR反應的專(zhuān)用反轉錄試劑。Kit中使用了具有較強DNA分解活性的gDNA Eraser,通過(guò)42℃,2 min即可除去基因組DNA。同時(shí)由于反轉錄試劑中含有抑制DNA分解酶活性的組分,經(jīng)過(guò)gDNA Eraser處理后的樣品可以直接進(jìn)行15 min的反轉錄反應合成cDNA,因此,20 min內即可迅速完成從基因組DNA去除到cDNA合成的全過(guò)程。
使用本制品合成的cDNA適用于SYBR® Green qPCR分析法和探針qPCR分析法,可以根據實(shí)驗目的,選擇與SYBR Premix Ex Taq? II (Tli RNaseH Plus) (Code No. RR820Q/A/B)、Probe qPCR Mix (Code No. RR391S/A/B) 組合使用。
注意:Takara Bio使用SYBR Green I 作為研究試劑已得到Molecular Probes Inc.的許可。
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■ 保存
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-20℃。
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■ 試劑盒特長(cháng)
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1. 含有去除基因組DNA的gDNA Eraser,只需2 min即可除去基因組DNA。
2. 只需15 min即可高效合成Real Time PCR反應用模板cDNA,是進(jìn)行2 Step Real Time RT-PCR反應的理想試劑。
3. 反轉錄引物使用了Random 6 mers和Oligo dT Primer混合的RT Primer Mix,可以均勻合成樣品中的各種cDNA。
4. 本制品提供了SYBR Green qPCR分析法和探針qPCR分析法各自適合的反應體系,可以根據分析方法選擇體系。
SYBR Green qPCR分析法和探針qPCR分析法區別如下:
(1) 反轉錄反應中RT Primer Mix的用量。
(2) 反轉錄反應中總RNA的用量。
5. Real Time RT PCR定量需要建立標準曲線(xiàn),建立標準曲線(xiàn)的條件就是需要將總RNA和反轉錄cDNA稀釋到較低的濃度。如果用水或TE Buffer稀釋時(shí),由于模板濃度低不穩定,因而會(huì )縮小曲線(xiàn)范圍,結果精度降低。本制品中附加了標準曲線(xiàn)制作用稀釋液EASY Dilution (for Real Time PCR) ,將Total RNA或cDNA稀釋至低濃度時(shí)也能夠進(jìn)行準確稀釋?zhuān)菀自趯拸V范圍內獲得準確定量的標準曲線(xiàn)。
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■ 注意事項
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1.使用本制品合成的cDNA與SYBR Green I關(guān)聯(lián)制品組合使用時(shí),建議使用:
SYBR Premix Ex Taq II (Tli RNaseH Plus) (Code No.RR820Q/A/B)
SYBR Premix Ex Taq (Tli RNaseH Plus) (Code No. RR420Q/A/B)
以上制品與本制品組合使用,可以得到可信度高的結果。
本制品與SYBR Fast qPCR Mix (Code No. RR430S/A/B) 組合使用時(shí),有時(shí)反應性能不好,不推薦使用。
2. 當同時(shí)需要進(jìn)行數次反應時(shí),應先配制各種試劑的混合液 (Master Mix;其中包括RNase Free dH2O、Buffer、酶等),然后再分裝到每個(gè)反應管中。這樣可使所取的試劑體積更準確,減少試劑損失,避免重復分取同一試劑。同時(shí)也可以減少實(shí)驗操作或實(shí)驗之間產(chǎn)生的誤差。
3. gDNA Eraser和PrimeScript RT Enzyme Mix I 在使用前要小心地離心收集到反應管底部。由于酶保存液中含有50%的甘油,粘度高,分取時(shí)應慢慢吸取。同時(shí),要使用精確、量程適合的移液槍?zhuān)⑶也灰筎ip插入液面過(guò)深,否則會(huì )因Tip壁粘著(zhù)造成損失,而使酶量不足。
4. 5×gDNA Eraser Buffer和5×PrimeScript Buffer 2(for Real Time)在使用前需Vortex振蕩混勻,輕輕離心后使用。
5. 分裝試劑時(shí)務(wù)必使用新的槍頭 (Tip),以防止樣品間污染。
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